No, no todos los organismos unicelulares son bacterias.
Nuestra comprensión actual de la filogenia es que hay 3 dominios de la vida: eucariotas, arqueas y bacterias. En los tres dominios, puede encontrar organismos unicelulares, pero diferirán dramáticamente unos de otros en términos de cómo llevan a cabo procesos biológicos básicos: diferentes ribosomas / maquinaria de traducción, replicación de ADN, etc.
Además de estas diferencias en los procesos biológicos básicos, también se ven diferencias (y similitudes) en los “extras”, complementos que no creemos que sean esenciales, en la forma en que la replicación del ADN es esencial, pero que sirven papeles importantes en la adaptación del organismo a su nicho ecológico particular. Diferentes bacterias han desarrollado diferentes formas de causar enfermedades a los huéspedes eucarióticos, formar biofilms, diferenciarse en tipos de células complejas, nadar o retorcerse, usar diferentes fuentes de carbono o nitrógeno, etc. etc., etc.
Al final, hay muchas maneras diferentes de diferenciar una bacteria de otra, o una bacteria de otro organismo unicelular; la microscopía básica puede ser un buen punto de partida, ya que una bacteria es (por lo general) mucho más pequeña que las células eucariotas unicelulares. A menudo es más fácil usar técnicas de secuenciación para identificar el organismo que le interesa, pero clásicamente, se podría usar una variedad de pruebas indicadoras en el laboratorio para diferenciarlas también.
