Muchos, muchos usos. Diría que lo más impactante sería el uso de bacterias para comprender el proceso de replicación y activación de genes. Dado que son unicelulares, es mucho más fácil rastrear el proceso de transcripción, traducción y replicación de los genes dentro de los genomas bacterianos. Como son tan simples, también es posible modificar genes o modificar los activadores que permiten / previenen la expresión de genes. Algunas bacterias solo expresan algunos genes en presencia de otras bacterias idénticas (como dentro de una colonia). Algunas bacterias solo expresan ciertos genes cuando un gradiente particular de azúcares está disponible en su entorno. Podemos estudiar estos procesos celulares para familiarizarnos con los procesos a los que se someten los organismos multicelulares.
otros usos son: producción / fermentación de alimentos, producción de químicos industriales (el peróxido es producido por algunas bacterias), las bacterias también se pueden usar para producir antibióticos en función de su composición.