El sistema de endomembrana es un sistema de membranas internas interconectadas generalmente asociadas con eucariotas. El sistema está compuesto por la envoltura nuclear, el retículo endoplásmico (RE), el aparato de Golgi, las vacuolas, las vesículas y la membrana celular, así como casi cualquier orgánulo ligado a la membrana que no sea cloroplastos y mitocondrias. Estas membranas son contiguas o comparten material mediante el transporte de vesículas.
El sistema de endomembrana es responsable de la fabricación y distribución de la mayoría de los materiales celulares que se utilizarán internamente o para la exportación.