Transformación genética: ¿Por qué se dice que las células se transforman en células, después de que todas las células se quedan en las células después de la transformación?

Estás confundiendo por nada. No siga el término “Transformación” como dice. Lo que ya dijiste es que se trata de una transformación celular, y en la transformación celular, un fragmento (gen) de ADN EXÓGENO se incorpora al ADN de la célula que tenemos.
Por lo tanto, ninguna morfología o estructura celular, excepto el ADN, se ha alterado.