Mis primeros pensamientos son “No”.
A menos que la floración de algas haya agotado todo (o casi todo) el oxígeno en el ambiente, las bacterias anaeróbicas no son la manera de deshacerse de una proliferación de algas.
Las bacterias anaeróbicas son (por definición) muy exigentes con su intolerancia al oxígeno. En un ambiente con bajo (pero detectable) oxígeno, los anaerobios dejarán de crecer (el mejor de los casos) o morirán (el peor de los casos).
Las floraciones de algas pueden reducir la concentración de oxígeno lo suficiente como para sofocar a los peces, pero por lo general no lo suficiente como para clasificar el medio ambiente como fastidiosamente anaeróbico.
Sin embargo, tu idea tiene cierta relevancia. Podría inocular una floración de algas con bacterias aerotolerantes y / o microaerobias para digerir a la alga moribunda.