El dominio al que se refiere se llama Docking (ver Docking (molecular)). Es un dominio muy activo de investigación en bioinformática, incluso con una competencia mundial sobre los mejores algoritmos para predecir interacciones moleculares aún no publicadas, el experimento CAPRI (ver CAPRI HOME y Evaluación Crítica de la Predicción de Interacciones).
Hasta donde yo sé, no existe un algoritmo ideal que pueda predecir todo tipo de interacciones, ya que las formas en que interactúan las moléculas están muy diversificadas. La interacción entre un anticuerpo y un antígeno (ver Interacción antígeno-anticuerpo) es diferente de los que están dentro del ribosoma (ver Ribosoma), o incluso entre una proteína chaperona y otras proteínas (ver Chaperona (proteína)).
No conozco el estado de la técnica para su problema específico, tampoco soy un experto en este campo específico: por lo tanto, no puedo recomendarle trabajos específicos relacionados que se hayan realizado. Sin embargo, un vistazo rápido en internet me llevó a este artículo: Predicción basada en homología de las potenciales interacciones proteína-proteína entre eritrocitos humanos y Plasmodium falciparum.
Una vez más, no soy un experto, acabo de darle un ejemplo de trabajo desde el cual puede comenzar a buscar documentos que sean más relevantes para su caso. Espero que esto te haya ayudado!