E. coli consiste en un grupo diverso de bacterias que se conocen como cepas. Si bien las cepas son lo suficientemente similares como para recibir el mismo nombre de especie, existen diferencias importantes entre ellas. Estas diferencias permiten que algunas cepas coexistan con nosotros dentro de nuestro intestino y otras sean peligrosas si ingresan al cuerpo. Algunos E. coli son patógenos, lo que significa que pueden causar enfermedades, mientras que otros se consideran parte de la flora bacteriana normal del sistema gastrointestinal. La mayoría de E.coli son inofensivos y en realidad son una parte importante de un tracto intestinal humano saludable.
No nos enfermamos antes de defecar porque se supone que “esa” cepa bacteriana está presente en “esa” área de nuestro cuerpo. Sin embargo, si consumes comida o agua feacalmente contaminada, introducirías la bacteria en un lugar donde no debería estar (es decir, el estómago) y existe la posibilidad de que tu sistema inmune no pueda luchar contra ella y producir una infección. De hecho, la presencia de E. coli en el medio ambiente se usa como un indicador de contaminación fecal.