Normalmente no usaría la palabra transgénica para describir la ingeniería molecular en bacterias. Usualmente usamos esa palabra para describir un organismo complejo, ya sea vegetal o animal, en el cual el material genético ha sido insertado de manera definida en el genoma. Por ejemplo, un ratón en el que se ha introducido un gen novedoso en la línea germinal de un embrión y luego se cría selectivamente para que contenga ese nuevo gen de manera estable se denomina ratón transgénico.
La mayoría de las manipulaciones de bacterias se realizan mediante transformación, introducción de un plásmido en la cepa bacteriana. La presión selectiva, comúnmente antibióticos, se usa para seleccionar la retención y expresión del plásmido. Los plásmidos son pequeños círculos de ADN autorreplicante que pueden modificarse para contener un gen que codifica una proteína de interés. Debido a que el plásmido no se integra en el genoma bacteriano, no se convierte en una parte permanente del ADN bacteriano, esta cepa bacteriana modificada no se denominará “transgénica”.
