Los cilios se distribuyen por toda la membrana externa del paramecio. Los pelos baten de forma controlada y modelada con proteínas que funcionan como motores. Estos motores de proteína azotan los filamentos en secuencia a lo largo del cuerpo para empujar contra el agua que rodea al protista. Si la coordinación es lo suficientemente buena, el movimiento colectivo de todos los cilios da un efecto de impulsor neto, al igual que los encontrados en los barcos.
Paramecia se mueve como barcos con muchas paletas.
Euglena, a menudo confundida con paramecios, usa flagelos, largas colas de azote en el extremo posterior del cuerpo. Las proteínas motoras similares a las que se encuentran en la membrana de los cilios en paramecia controlan el movimiento de los flagelos, pero son mucho más grandes y producen pares más altos ya que solo hay dos flagelos contra los 1000 encontrados en los paramecios.
Euglena se mueve como un bote de río: una o dos ruedas de paletas grandes en la parte trasera.
