Sus modos de digestión son diferentes también. Las amebas utilizan sus psuedopodios para agarrarse y alimentarse y crear una vacuola de alimentos. Paramecium no “engluf” su comida como lo hacen las amebas, sino que absorben partículas de comida a través de su “boca” (también conocida como ranura oral). El paramecio crea también una vacuola de alimentos, pero la vacuola está separada de la “boca”, donde en las amebas engullen a sus presas y crean una vacuola de alimentos que rodea el alimento. Piénselo de esta manera: los paramecios tienen un “estómago” inmóvil (vacuola de alimentos) y tienen que llevarle alimentos. Las amebas pueden formar un “estómago” para rodear la comida que engullen.
Además, el paramecio tiene dos núcleos: uno para las funciones celulares (fagocitosis, síntesis de proteínas, etc.) y otro para la reproducción. Las amebas tienen un solo núcleo que lleva a cabo todas las funciones.
