¿Es posible distinguir diferentes cepas de E. coli solo mirando la morfología de la colonia?

No de forma sistemática. Algunos investigadores desarrollan medios especiales para indicar las variantes de las cepas que están estudiando en el laboratorio. Estos se basan generalmente en requisitos metabólicos, resistencia a los antibióticos y sistemas similares. Se han realizado intentos para usar placas de réplica. La incorporación de antisueros en las placas es un desperdicio de antisueros y no funciona bien para los antígenos de la pared celular o las toxinas difusibles.
El problema básico es la cantidad de cepas posibles.

No, a menos que tengas una cepa fluorescente GFP. E. coli se ve como varillas gram negativas y también klebsiella y enterobacteriaceae que también son varillas gram negativas