Esa es una pregunta bastante filosófica. La respuesta a la mayoría de “¿Por qué?” En biología es porque la evolución. La pregunta correcta es siempre que cuáles son las variables de optimización probables, que lo hicieron como está.
Sin embargo, la respuesta a su pregunta es que tener mitocondrias más cerca de la región donde la demanda de ATP es más alta y más dejar que el ADN genómico de los espermatozoides tome la delantera en la región que se fusionará se favoreció en la evolución. Piénselo, estas células evolucionaron para dar lo mejor de sí mismas al nadar y liberar ADN. Cualquier variable como tener una casa de producción de ATP cerca del flagelo, favoreció que su propósito fuera seleccionado.