Categorizar o identificar microbios en realidad no requiere ningún tipo de microscopio. Microscópicamente se puede adivinar si hay estructuras específicas. Pero no todos los microbios los tienen. Usando el microscopio puedes identificar su forma, movimiento.
Usualmente usamos métodos bioquímicos para identificar. A veces, métodos moleculares como PCR. También espectrometría de masas (MALDI-TOF). Pero no el microscopio …
Espero que esto ayude