Nunca preguntes cuántos tipos de algo hay sin especificar las cualidades con las que los clasificas. Como con la mayoría de las cosas, hay muchas, muchas formas independientes de clasificar los cromosomas. Otra respuesta hace un excelente trabajo clasificándolos por centrómeros, pero hay muchos otros.
Por ejemplo, topología. La mayoría de los cromosomas humanos son lineales, pero dentro de nuestras mitocondrias hay un pequeño cromosoma circular. Los eucariotas tienen cromosomas lineales, excepto en las mitocondrias y los cloroplastos (y estructuras similares en organismos extraños como las plantas no fotosintéticas). Las bacterias tienen principalmente cromosomas lineales, aunque algunos tienen cromosomas lineales y algunos tienen cromosomas que parecen intercambiarse entre estados lineales y circulares. Diminutos cromosomas circulares también se pueden encontrar en las células cancerosas.
También podríamos clasificar por patrón de herencia. Nuestros cromosomas generalmente siguen un patrón de herencia mendeliana, con la misma probabilidad de heredar cualquiera de los cromosomas (en los diploides, ¡algunos cultivos comerciales son decaploides!). El cromosoma mitocondrial en humanos se hereda solo por vía materna. Pero en las plantas, las mitocondrias son heredadas paternalmente. Y en algunos organismos, las mitocondrias son exclusivamente de un padre, pero el padre no es una constante.