Los cromosomas Y aún evolucionan, ya que la mutación, la selección y la deriva genética aleatoria todavía están ocurriendo. La recombinación sexual no es necesaria para la evolución; a veces lo acelera. Curiosamente, el cromosoma Y es un rincón del genoma humano en rápida evolución. Esto probablemente se deba a dos factores: 1) la falta de recombinación hace que sea más difícil sacrificar nuevas mutaciones deletéreas, y 2) las tasas de mutación / generación son altas, ya que en una generación se necesita mucha mitosis para producir la línea germinal que conduce a los espermatozoides (porque hacemos tantos espermatozoides)
También tenga en cuenta que, aunque su relevancia es pequeña aquí, el 5% del cromosoma Y se recombina con el cromosoma X.