No se “pudrirían” porque la podredumbre ocurre cuando las bacterias consumen la comida.
El almacenamiento de alimentos en una célula de bacteria no permanece por mucho tiempo. Cada célula utiliza los nutrientes para construir sus propias estructuras celulares de modo que eventualmente pueda dividirse en dos.
Pero si se mantuvo el tiempo suficiente, la luz UV podría romperse y formar nuevos enlaces químicos dentro de la comida, lo que posiblemente lo inutilice dependiendo de lo que contenga la vacuola.
No puedo encontrar nada sobre la desintegración de la comida de las vacuolas, probablemente porque las bacterias usan sus almacenes de comida tan rápido que es imposible o no vale la pena observarlo.