A diferencia de las bacterias, que usan peptidoglicanos en sus paredes celulares en cantidades mayores o menores, las arqueas no tienen una composición de pared celular común y uniforme.
Algunas arqueas, como los Metanógenos, usan compuestos similares a los peptidoglicanos llamados Pseudopeptidoglicanos.
Algunos otros usan una capa gruesa no muy bien caracterizada de polisacáridos posiblemente sulfatados.
Algunos otros, como los Hyperthermophiles y Halobacterium, usan una capa de Glicoproteínas; en el caso particular de Halobacterium, estas proteínas tienen un alto contenido de aminoácidos ácidos que las hacen inestables excepto en presencia de grandes cantidades de iones de sodio, lo que hace que Halobacterium sea incapaz de prosperar excepto en condiciones de alta salinidad.
Finalmente, algunos tienen solo un recubrimiento de proteínas de la capa superficial llamadas (no muy imaginativamente) S-proteínas. Este también es comúnmente el caso de las bacterias, donde las proteínas S están presentes solas o en combinación con polisacáridos.
