Puramente depende de tu interés. La biotecnología es un área muy amplia y la biotecnología farmacéutica es solo un aspecto de ella, abarca principalmente la formulación de medicamentos, las prácticas GMT, los tipos de antibióticos utilizados para diversas enfermedades, etc. La biotecnología también abarca la tecnología alimentaria, tecnología vegetal, genómica, biotecnología ambiental, tecnología celular, etc.
Pero la ciencia farmacéutica le dará información principalmente sobre la composición y formulación de medicamentos con un profundo conocimiento de la bioquímica, mientras que todas estas áreas están cubiertas en biotecnología junto con temas adicionales. Te recomendaría que estudies biotecnología en pregrado y luego, tal vez, elijas farmacología como tu especialidad durante tu maestría. De esa forma no te limitarás a ti mismo.
En definitiva, es tu decisión. Las compañías farmacéuticas pagan bien pero también dan preferencia a los estudiantes de biotecnología.