¿Cuál crees que es el mejor sistema para hacer un gen knockout en el genoma de las bacterias?

Esto depende en gran medida del tipo específico de bacteria y qué herramientas se han desarrollado. La mayoría de estas estrategias se basan en la recombinación con una plantilla sintética que tiene el cambio deseado, seguida de una segunda recombinación para extirpar la región original (la mitad del tiempo, la otra mitad se elimina la plantilla de reparación).

Por ejemplo, algunas bacterias son naturalmente competentes y altamente preparadas para la recombinación, por lo que simplemente bañarlas en la plantilla adecuada en los medios adecuados dará como resultado la incorporación de la plantilla de reparación y una alta frecuencia de los recombinantes dobles. En otras especies, obtener ADN es más difícil y la recombinación más rara, por lo que se prefiere seleccionar por separado para cada paso de recombinación secuencialmente. Algunas especies tienen recombinaciones lambda-rojas disponibles, lo que aumenta en gran medida las tasas de recombinación. CRISPR-Cas9 puede acelerar las tasas, pero a una dosis demasiado alta será letal.

Encuentre documentos para su error o encuentre expertos en él, o hágase fuerte para ser el pionero de ese organismo.

Si eres bueno diseñando vectores, recomendaría el sistema CRISPR-cas .

Para los knockouts cuando no necesite ningún knockout o manipulación adicional de la región (al menos no más de 5): Método recombinasa λ-Red .