¿Son los organismos vivos patógenos o no patógenos?

Asumiré que se refiere a microrganismos que no habitan en el cuerpo, que “viven” fuera del cuerpo humano (en el suelo, en otras especies, en plantas, etc.). En este caso, la respuesta es que algunos son patógenos, pero muchos no (la excepción es para un individuo con un sistema inmunológico deteriorado para el que casi todos los microbios pueden representar una amenaza). La mayoría de los hongos no son patógenos humanos (los hongos están incluidos en este grupo) y muchas especies bacterianas que viven en el suelo no son patógenas. Quizás alguien con un conocimiento más profundo de esto pueda agregarse a esta discusión.