Los genes procarióticos a menudo se organizan en operones. Se genera una transcripción que cubre el operón y se traducen los marcos de lectura dentro de él. A veces hay pequeñas regiones entre los codones de inicio y fin de genes sucesivos, pero a menudo se superponen. Por ejemplo, el tetranucleótido AUGA puede contener el codón de terminación UGA para un gen corriente arriba y el codón de inicio AUG para el gen sucesivo.
Los genes de ARN estructural tales como los ARNt también se pueden transcribir como operones.
En el cromosoma o el plásmido, los genes pueden estar en cualquier orientación, aunque hay un sesgo que debe orientarse con la cadena codificante en la cadena principal para la replicación.
La mayoría de los procariotas tienen un solo cromosoma, pero existen casos de genes esenciales que duelen y existen dos cromosomas. La mayoría tiene un cromosoma circular, pero algunos géneros como Streptomyces tienen cromosomas lineales. De forma similar, la mayoría de los plásmidos son circulares, pero existen plásmidos lineales conocidos.
