¿Por qué se prohíbe la MDMA en la mayoría de los países?

No hay nada especial sobre MDMA. Muchas drogas inofensivas están prohibidas. Ver:
¿Por qué algunas drogas son ilegales?
¿Por qué ciertas drogas son ilegales en ciertos países?
¿Por qué DMT es ilegal?
¿Por qué está bien que ya no haya prohibición de alcohol, pero otras drogas siguen siendo ilegales?

En todo caso, MDMA está en el lado peligroso ya que puede causar daño cerebral. Puede comparar las leyes que lo prohíben con las leyes que requieren cinturones de seguridad.

Está prohibido porque los legisladores fueron mal informados sobre su seguridad y eficacia como una herramienta para la salud y el bienestar (para más información, consulte MAPS: Asociación multidisciplinaria de estudios psicodélicos o mire este video …
y este video
)

Porque puede matarte al cerrar los riñones. Aparentemente tienes mucha sed y puedes dañar tus riñones bebiendo demasiado (de cualquier líquido) para calmarlo. Además, es usado principalmente por niños, que no están equipados neurológicamente ni responsablemente para usar ese material.
Sin embargo, dicho esto, hay evidencia de que este es un medicamento milagroso para el tratamiento del TEPT y la depresión, hasta cierto punto, también. Aquí está el artículo que leí al respecto:
Una nueva clase de prueba de ácido

Porque es una droga recreativa increíble y eso es algo que los gobiernos controlan y restringen, aunque deberían gravar el asunto.