Los sistemas antivirus detectan archivos infectados al examinar los bytes en busca de ocurrencias de firmas de virus, es decir, una secuencia de bytes que se encuentra únicamente en cada virus. Para este propósito, el sistema antivirus debe almacenar la matriz de todas las firmas de virus conocidas dentro de él. Cuando un antivirus escanea otro sistema antivirus, si detecta la aparición de la firma del virus en el archivo del sistema antivirus que se está escaneando, se informará que está infectado por el virus.
Algunos sistemas antivirus evitan que los productos de la competencia los detecten infectados por virus al almacenar las secuencias de bytes de firmas de virus en forma codificada en lugar de secuencias de bytes sin formato.