Existen pesticidas antimicrobianos que están diseñados para matar a los microbios y solían matarlos. El desinfectante de cloro es un buen ejemplo.
Algunos pesticidas agrícolas, particularmente los fungicidas, también tienen propiedades antimicrobianas. Sin embargo, es poco probable que los niveles que llegan al intestino a través de los residuos en los cultivos sean suficientes para afectar los microbios intestinales. Es simplemente una cuestión de dosis / respuesta.
El azúcar y la sal también tienen actividad antimicrobiana. Cada vez hay más pruebas de que los niveles de azúcar en las dietas occidentales han tenido un tremendo impacto en las poblaciones de microbios en el intestino. El impacto no se entiende completamente.