¡Por supuesto!
Las mutaciones son el resultado de que tenemos tantas especies diferentes de bacterias y virus.
A diferencia de las células de mamíferos o eucariotas superiores, la tasa de error en la replicación del virus es demasiado alta.
Además en las bacterias, la transferencia de genes tiene lugar a altas velocidades.
En resumen, sí, las bacterias y los virus tienen mutaciones.