Buena respuesta dada por ambos ya. Ambas técnicas, 2D SDE y HPLC de fase inversa (cromatografía líquida de alta resolución) se utilizan para la separación rápida en pasos mínimos en comparación con otros métodos. Pero esto también lleva mucho tiempo y no solo un paso.
Las técnicas largas para la separación incluyen la cromatografía con hidroxiapatita, la centrifugación con sulfato de cesio (con bromuro de etidio), la cromatografía de nitrocelulosa, etc.
Una cosa que me gustaría agregar es usar nucleasas dúplex específicas que rompen y degradan el ADN de doble cadena y no actuarán en el ADN de cadena de la mezcla. Pero esto solo le da ADN ss, no separa ambos.