tienes razón, los microorganismos se pueden usar para limpiar el agua, pero aquí debes especificar qué es lo que quieres limpiar, por ejemplo psudomonas putida es una bacteria que limpia el agua de los aceites, bdellovibrio bacterovorus mata las bacterias contaminantes del agua
algunos rotíferos se utilizan para limpiar el agua de bacterias filamentosas . Para que los microorganismos puedan ser utilizados, pero solo para fines específicos, para limpiar el pozo, me temo que tendrá que usar cloro y otros métodos no biológicos (es decir, que no involucren microorganismos).