Básicamente, 2 formas. Si solo quieres ver si están presentes, puedes buscar la secuencia de ARNr ribosómico 16S. Esta es solo una secuencia presente en bacterias, pero no en otros organismos como eucariotas (amebas, animales y plantas) o virus. Si su PCR amplifica el ADN utilizando los cebadores (piénsese en ellos como términos de búsqueda molecular) para esa secuencia, su muestra tiene bacterias.
Si quieres saber qué son los organismos, se puede usar esa misma secuencia. Básicamente está altamente conservado en algunos puntos y muy diverso en otros. Tus primers básicamente se enganchan a los bits conservados y luego comparas las diferencias en los diversos bits con una base de datos para identificar los organismos.
Finalmente, 16S no necesariamente te dice todo lo que necesitas saber sobre su estructura o función (aparte de saber que el organismo X generalmente tiene una desagradable enzima Y). En ese caso, puede usar cebadores que recogen la codificación de ADN para cualquier rasgo que busque. De esa manera, en su lugar, puede ver si su muestra tiene genes que codifican esa enzima Y. Es muy importante señalar aquí que varias secuencias pueden codificar para la misma enzima funcional, por lo que no es tan simple como parece.
