Estás mirando por el lado equivocado del microscopio.
La pregunta que realmente puede responderse es “¿Cómo genera un cuerpo la autoconciencia del llamado alma”?
La respuesta a eso es que el cerebro lo hace como parte de su funcionamiento normal.
Si piensas que el alma es algo separado del cuerpo, considera esto: cuando alguien se recupera de un trauma cerebral severo que lo deja con una personalidad cambiada y otros déficits cognitivos, ¿adónde fue esa parte faltante de su “alma”? Es una proposición mucho más simple decir que su unidad de procesamiento central ya no puede ejecutar todo el sistema operativo, y las partes “perdidas” de su “alma” son solo partes del sistema operativo que ya no pueden funcionar.