El microorganismo es una categoría amplia que abarca prácticamente todas las formas de vida menores de un milímetro (básicamente, invisibles a simple vista). Esto puede incluir organismos multicelulares como los tardígrados, y también incluye las bacterias y arqueas unicelulares. Puede o no incluir virus, dependiendo del uso del término.
Las bacterias son un dominio particular de procariotas unicelulares. Son un tipo de microorganismo.
A diferencia de las bacterias, los virus necesitan una forma de vida para replicarse. Un tipo particular de virus llamado bacteriófagos infecta varias especies bacterianas y fuerza a las bacterias a replicar el bacteriófago. Por lo general, son mucho más pequeñas que las bacterias, pero hay algunos virus que son casi del tamaño de las especies bacterianas más pequeñas.
Puede encontrar listas mucho más detalladas de diferencias (y similitudes) entre microorganismos, bacterias y virus, pero esta respuesta cubre algunas importantes.