La isoniacida ha sido asignada a una categoría de embarazo C por la FDA. No hay datos controlados en embarazos humanos. Se observaron efectos embriocidas tanto en ratas como en conejos después de la administración de isoniazida por vía oral durante el embarazo. Si bien se han notificado casos de sospecha de anomalías inducidas por isoniazida, se desconoce la causalidad y los análisis retrospectivos no han documentado un riesgo teratogénico significativo. La isoniazida solo debe administrarse durante el embarazo cuando la necesidad se haya establecido claramente. La terapia inicial de tuberculosis activa en pacientes embarazadas recomendada por los Centros para el Control de Enfermedades incluye isoniazida. La isoniacida también es recomendada por la American Thoracic Society. Para las mujeres infectadas por el VIH, el Grupo de Trabajo de Prevención de Infecciones Oportunistas de USPHS / IDSA (Servicio de Salud Pública de EE. UU. / Enfermedades infecciosas de EE. UU.) Recomienda que se administre quimioprofilaxis durante el embarazo a aquellos con una prueba cutánea de tuberculina positiva o antecedentes de exposición a tuberculosis, después de que la enfermedad activa ha sido descartada. La isoniazida es el agente profiláctico de elección a menos que se sospeche la exposición a la tuberculosis resistente a los medicamentos. Sin embargo, el Grupo de Trabajo también afirma que “debido a inquietudes teóricas sobre la posible teratogenicidad asociada con la exposición a fármacos durante el primer trimestre, los proveedores pueden optar por iniciar la profilaxis después del primer trimestre”.
La isoniacida cruza la placenta. En el momento del parto, se ha informado que las concentraciones de cordón sérico varían entre 0% y 66% de las encontradas en el suero materno. Los informes sobre el uso de isoniazida durante el embarazo generalmente implican una terapia farmacológica múltiple. Las malformaciones reportadas que han involucrado el uso de isoniazida incluyen un caso de mielomeningocele e hipospadias. El Collaborative Perinatal Project informó 85 exposiciones fetales a isoniazida durante el primer trimestre. Se informaron diez malformaciones, que fue casi el doble de la tasa normal. Sin embargo, debido al pequeño número de exposiciones, no se pudo llegar a ninguna conclusión. Se han reportado complicaciones hemorrágicas como resultado de la deficiencia de vitamina K en dos bebés cuyas madres recibieron medicamentos antituberculosos. Una madre había sido tratada con isoniacida y rifampicina, y la otra con isoniacida, rifampicina y etambutol. Un tercer bebé con enfermedad hemorrágica solo había estado expuesto al etambutol y la rifampicina. El mesotelioma pleural se informó en un niño de nueve años cuya madre recibió isoniazida durante el segundo y tercer trimestre del embarazo. La carcinogenicidad de la isoniazida no ha sido documentada.