Eso es extraño. ¿Qué especies estás creciendo? ¿Estás agitando el tubo para resuspender la cultura? A veces se asientan en la parte inferior y forman una bola suelta incluso sin centrifugar. ¿Utiliza un tinte indicador que cambia de color cuando ve crecimiento o se basa solo en la turbidez?
Es poco probable que la bacteria esté desapareciendo, de hecho es imposible. Creo que su error radica en alicuotar la muestra a las cubetas cuando se realizan lecturas de OD. Vuelva a suspender sus muestras agitando en vórtex suavemente primero.