Las bacterias pueblan todas las partes del cuerpo humano en contacto con el entorno externo, como la piel, el tracto respiratorio superior, la boca y el intestino. Esta población juega un papel importante en la protección contra las bacterias que causan enfermedades al competir con ellas o producir inhibidores. Las bacterias en el intestino también producen algunos nutrientes esenciales como la vitamina K. Recientemente se han realizado investigaciones que muestran que la población bacteriana en el intestino juega un papel importante en la salud corporal y mental con la sugerencia de que los trasplantes fecales, deliciosamente nombrados, pueden ser beneficioso.
El papel ecológico de las bacterias es enorme y fundamental. El ecosistema global se basa en bacterias que reciclan el carbono y todos los minerales que la vida necesita. El crecimiento de la planta depende de las bacterias para convertir el gas inerte de nitrógeno de la atmósfera en formas que las plantas pueden usar y en las bacterias para reciclar el nitrógeno de sus restos. Lo mismo se aplica al fósforo cuando se necesitan bacterias para disolver el mineral de fosfato insoluble para que el fósforo pueda ser utilizado por otros organismos. El oxígeno en nuestra atmósfera fue inicialmente producido por bacterias fotosintéticas. Uno podría continuar con prácticamente todos los minerales en circulación, incluso algunos depósitos de oro muestran signos de estar formado por la actividad bacteriana.
