Suponiendo que te refieres a articulaciones, como los nudillos, es a causa de un proceso de producción de ruido llamado cavitación. Los extremos de los huesos de los dedos están cubiertos con una fina capa de cartílago y separados por una película de fluido lubricante llamada líquido sinovial . Si los dos huesos se separan de repente tirando de un dedo o entrelazando los dedos para “romperse los nudillos”, es como sacar una ventosa de goma húmeda de un cristal de la ventana. La descompresión del líquido sinovial entre los huesos (o el agua en una ventosa) crea pequeñas burbujas en el líquido, y esto produce el sonido de estallido o agrietamiento. Esta caricatura lo explica bastante bien.
Aquí hay un estudio de rayos X de video.