Esencialmente, debe encontrar un “marcador” (un gen particular o fragmento de un gen) que no haya sido transferido horizontalmente, o heredado a través de endosimbiosis. Como se menciona a continuación, el ADNr es un buen candidato e incluso se usa para comparar las mitocondrias con otras bacterias.
Un árbol de especies robusto para el
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El método actual para determinar la filogenia bacteriana se basa en la alineación de secuencia de la subunidad 16s del ribosoma.
Como el ribosoma es responsable de crear proteínas, es un complejo esencial que está presente en todas las formas de vida conocidas.
La relación de las bacterias se determina luego comparando regiones de secuencia 16s específicas y buscando homología. Cuanto más relacionadas estén las dos bacterias, más se parecerán las secuencias entre sí.
Este proceso de comparación de secuencias se repite una y otra vez al agregar más bacterias hasta que se puede hacer un árbol grande.
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