Esta es una pregunta difícil ya que el microbioma intestinal de los diferentes tipos de mamíferos difiere al igual que los diferentes tipos de aves, por ejemplo, los carnívoros en comparación con los herbívoros en comparación con los omnívoros. Por ejemplo, la flora intestinal de una vaca es diferente a la de un león y el intestino de un búho será diferente al de un herrerillo común.
Los pedidos básicos de bacterias que se encuentran en animales y aves serán similares, por ejemplo, muchos lactobacilales en el intestino delgado y clostridiales en general, pero las familias y los géneros sí cambian.
Todavía hay muchas bacterias desconocidas en el intestino, por lo que es un área masiva de investigación.
