Los virus son complicados principalmente debido a su tamaño. Incluso si se obtiene una muestra, la cantidad de ácido nucleico para PCR y cultivos de virus in vitro es pequeña y también existe riesgo de alteración de las secuencias cuando se introducen cultivos in vitro y se usan PCR para amplificar los fragmentos.
Por lo tanto, los métodos de captura y aislamiento del objetivo han sido más efectivos. El método es similar a capturar un pez específico en un mar lleno de peces que vienen. Usted toma un cebo que solo es apetecible para el pescado en cuestión.
En “Captura específica y secuenciación del genoma completo de virus de muestras clínicas” – Daniel P. Depledge, Anne L. Palser, Simon J. Watson et.al describen un método similar y su técnica se describe a continuación:
El aislamiento objetivo mediante hibridación y el posterior enriquecimiento ha demostrado ser altamente eficaz en estudios de secuenciación de exoma que permiten a los investigadores atacar y secuenciar regiones específicas dentro del genoma humano (muestra probable de virus). Este método utiliza superposición de cebos de ARN biotinilados de 120 meros, diseñados mediante mosaico en regiones genómicas específicas. La posterior hibridación de los cebos de ARN con el ácido nucleico preparado de biblioteca de secuencia permite el aislamiento y enriquecimiento del material diana (usando un número mínimo de rondas de PCR) y generando cantidades suficientes para la secuenciación en plataformas de segunda generación (Illumina, Roche, Abi). Además, aunque todavía se requieren cantidades de microgramos de ácido nucleico para la preparación de la biblioteca de secuencias, los genomas objetivo solo necesitan comprender una fracción del ácido nucleico total.
