La descomposición por bacterias implica la ruptura de biomoléculas como carbohidratos, lípidos y proteínas con la ayuda de enzimas. Cuando un organismo está vivo, su cuerpo lo protege contra la invasión de microorganismos con la ayuda de barreras físicas y fisiológicas como la piel, la temperatura, el pH y la presencia de oxígeno (que es inhibidor de los anaerobios). El sistema inmunitario juega un papel importante en la prevención de la supervivencia de los microbios en un organismo vivo.
Una vez que el organismo muere, debido al cese de varias funciones corporales, la temperatura corporal disminuye, el pH cambia y el oxígeno se agota. Al principio, los microorganismos aeróbicos usan el oxígeno disponible para crecer e iniciar el proceso de descomposición. Eventualmente, cuando cae el nivel de oxígeno, los microorganismos anaeróbicos comienzan a dominar el ambiente del cuerpo y comienzan a crecer rápidamente.
