¿Por qué hay solo una pequeña fracción de microbios subsuperficiales que pueden ser cultivables en el laboratorio?

Al menos dos problemas; las condiciones de cultura correctas y muestras decentes.
Por ejemplo, pasó mucho tiempo antes de que se supiera que la mayoría de las bacterias asociadas con los seres humanos (incluidas las bacterias de la piel) son anaeróbicas o crecen mejor con niveles reducidos de oxígeno. De forma similar, la mayoría de las bacterias de la piel se encuentran en las capas inferiores de la piel o en los poros, por lo que no se accede por muestreo de superficie.
Ahora recuerde que los métodos microbiológicos se desarrollaron originalmente para cultivar patógenos a partir de enfermedades humanas y se extendieron a estudios normales de flora y usted comenzará a ver el problema.
Hay un problema con las temperaturas de incubación, 37 grados C está bien para los humanos, pero ¿qué pasa con las aves, los reptiles y otros animales? por no mencionar ambientes no vivos. Cada entorno tiene sus propios problemas y necesita un estudio sistemático; la atmósfera, la disponibilidad de nutrientes, la temperatura, la humedad y el pH serán un buen comienzo.
El muestreo puede ser igualmente complejo. Piensa en los sedimentos del mar profundo.