¿Existen virus como flora humana?

Sí, pero se llaman bacteriófagos. Son virus que se especializan en infectar bacterias. Juegan un papel importante en el equilibrio del microbioma. Hay un equilibrio entre las bacterias y los bacteriófagos, y uno entre las bacterias y los hongos.

Cuando hay un sobrecrecimiento bacteriano en el intestino, puede ser causado por (1) la ausencia de bacteriófagos que parasitan esa bacteria, (2) la ausencia de bacterias competitivas (eliminadas por los antibióticos, por ejemplo), o (3) la ausencia de competencia fúngica.

Espero que esto responda tu pregunta.

Los remito a las respuestas a esta pregunta: ¿Pueden los virus ser considerados flora microbiana normal en humanos?