Una vez que las bacterias se establecieron como endosimbiontes experimentaron una pérdida rápida de genes. Las mitocondrias humanas tienen un genoma de aproximadamente 15,000 pares de bases. Las bacterias de vida libre más pequeñas tienen genomas de aproximadamente 2,000,000 pares de bases. En otras palabras, las bacterias de vida libre perdieron más del 99% de sus genes cuando se convirtieron en endosimbiontes mitocondriales.
Muchos genes se transfirieron al núcleo y todavía están presentes en genomas humanos y otros genomas eucariotas. Otros, los genes que realizaban funciones que ya no eran esenciales o ventajosas, simplemente se perdieron.
Los genes se eliminan de los genomas todo el tiempo como resultado de errores aleatorios o debido a las acciones de los elementos genéticos móviles. Si esos genes son importantes para un organismo, su descendencia morirá o se verá seriamente desfavorecida, y el genoma defectuoso se eliminará de la población.
Las bacterias intracelulares no necesitan una pared celular de peptidoglucano. Sabemos esto no solo por el caso de las mitocondrias, sino porque otras bacterias que son parásitos intracelulares no tienen paredes celulares: los micoplasmas y Rickettsia son ejemplos.
Entonces, cuando las mitocondrias ancestrales perdieron sus genes para la síntesis de la pared celular, todavía fueron capaces de reproducirse bien. De hecho, probablemente crecieron un poco más rápido ya que no tenían que desperdiciar recursos replicando genes inútiles.
