H. pylori es una especie entérica de bacterias (vive en el tracto gastrointestinal) y aunque el microbioma intestinal varía de persona a persona, se espera que se encuentre.
Aunque, un estudio reciente ha demostrado que concentraciones más altas de H. pylori en el intestino podrían estar relacionadas con la colitis ulcerosa y la enfermedad de Crohn (Oliveira AG et al 2006)