Probablemente visualice las partículas elementales como algo así como bolas pequeñas y duras, por lo que tiene un problema al imaginar que pueden pasar el uno al otro sin ninguna interacción. Bueno, no son objetos pequeños y duros. Las partículas elementales son excitaciones en el campo cuántico subyacente, son como paquetes de ondas pequeñas. Y las ondas pueden atravesarse sin interacción, esto es algo que podemos observar incluso con ondas macroscópicas, como las de la superficie del agua.
En caso de que el neutrino pase a través de la materia, tus ondas son vibraciones de diferentes campos, campos que no interactúan directamente entre sí. Si entiendes eso, entonces no hay más sorpresa que ese paquete de ondas pueda atravesar todos esos paquetes de ondas que forman nuestros cuerpos sin afectar nada.