¿Qué debería hacer después de hacer msc en microbiología aplicada?

Podrías optar por doctorado o ir por un trabajo decente.
Si desea realizar estudios superiores, no lo haga con su propio dinero. Trate de descifrar algunos exámenes como CSIR o ICMR y obtenga becas JRF. Aunque es difícil descifrar estos exámenes, una vez que lo elimines, tus finanzas serán atendidas.
Si no desea hacer un doctorado, opte por un trabajo en cualquier laboratorio hospitalario o en una empresa privada que se ocupe de productos farmacéuticos / productos alimenticios / sitios de fabricación. Incluso podría buscar la oportunidad de trabajar en compañías de publicación de revistas o en compañías de software que requieren graduados en ciencias de la vida para codificación y transcripción médica. Ellos te entrenan durante los primeros meses antes de convertirte en un empleado. Pero la paga será comparativamente baja para los freshers. El gráfico aumentará con sus habilidades y experiencia.
Buena suerte:-)

Trabaja como pasante en el laboratorio que elijas, agudiza tus habilidades y comprensión en la aplicación práctica, estarás mejor preparado para elegir tu modelo de carrera de esa manera.