Los cromosomas están formados principalmente por genes, por lo que si un gen muta, trivialmente también lo hace el cromosoma.
Pero hay mucho más que eso. Por ejemplo, piezas grandes de cromosomas se pueden eliminar, duplicar o reorganizar. La secuencia de los genes en estas piezas no cambia en absoluto, pero su orden, número de copias y accesibilidad a los factores de transcripción y otras proteínas necesarias para que los genes funcionen pueden cambiar enormemente. Este tipo de mutación es probablemente una fuerza impulsora tan importante en la evolución como los cambios reales en la secuencia genética.
Por necesidad, mi respuesta aquí apenas araña la superficie; Tendría que escribir un libro de texto para responder a su pregunta por completo, y varias personas ya lo han hecho. Prácticamente cualquier libro de texto de genética introductoria escrito en los últimos diez años cubrirá lo básico bastante bien; si está interesado, busque en Amazon una copia usada de lo que tenga las mejores críticas y el precio más bajo. Tristemente, mi curso introductorio de genética fue en el siglo pasado, así que no tengo ninguna recomendación en particular. 🙂