Son muy distintos genéticamente y lingüísticamente. No es que su idioma “no pertenezca a ningún grupo en particular”, sino que no es indoeuropeo, a diferencia de la mayoría de las lenguas de Europa.
Una teoría es que fueron uno de los grupos que habitaron Europa durante el auge de la agricultura en el Medio Oriente. A medida que la agricultura permitió a los indoeuropeos barrer rápidamente a través de Europa, ya sea desplazando o inundando genéticamente a las poblaciones locales, los vascos se mantuvieron firmes. El hecho de que habitaron una de las partes de Europa más alejadas del Medio Oriente, y una de las regiones que en ese momento ya era la más densamente poblada (para una cultura preagrícola) les pudo haber dado el tiempo que necesitaban para adoptan la agricultura y tienen su propio boom demográfico antes de ser abrumados por los indoeuropeos.
