El término “reino” es algo que es muy difícil de aplicar directamente a los procariotas. Demonios, incluso es difícil aplicarlo a eucariotas, para lo cual fue inventado. Los reinos colocan en buenos bloques algunos organismos extravagantes (Animales, Plantas, Hongos y Cromos) que son monofiléticos y bien definidos; mientras deja el resto en un recipiente parafilético y abstracto. En este sentido, cualquier cosa que no esté en ninguno de esos reinos pero que aún sea un eucariota es un protista; mientras que cualquier otra cosa es un Moneras. En Moneras es donde encontrarás, por definición, cualquier organismo procariota.
Como esta clasificación es totalmente artificial, los biólogos modernos intentan evitarla. Tenga en cuenta también que cualquier categoría taxonómica tradicional, como clase u orden, puede ser algo muy diferente para diferentes grupos de organismos. Por ejemplo, el término phyllum se usa en animales para aquellos grupos que comparten un plan corporal básico, como artrópodos (organización metamérica, exoesqueleto, patas articuladas) o cnidarios (ausencia de ano, presencia de cniblastos, dos capas germinales, simetría radial, tentáculos alrededor de la boca, etc.). Para los procariotas, el término phyllum se usa para describir la categoría taxonómica más alta y generalmente responde exclusivamente al resultado de las filogenias moleculares. Por lo tanto, usted tiene las bacterias de dominio, que contiene muchos phyla, pero no reino.
En cuanto a los dominios, actualmente hay tres dominios: Bacteria, Archaea (anteriormente archaeobacteria) y Eukarya (que no son procariotas). De ellos, sabemos que Archaea y Eukarya están cerca, y de hecho, mientras más especies de arqueas descubrimos, más cerca están. Hasta el año pasado, en el que el científico secuenció parcialmente del océano ártico tres cepas de arqueas que se clasificaron en el phyllum Lokiarchaeota. Lo bueno es que esos organismos parecen estar muy cerca de todos los eucariotas, de hecho colocando eucariotas dentro de Lokiarchaeota. Esto todavía es bastante nuevo, pero tendrá que ser aceptado eventualmente. Y luego, nos convertiremos en parte de un archeal phyla, que contendrá reinos que contendrán phyla.
