Es un sistema abierto de estricta definición termodinámica porque intercambia energía con su entorno (calor y trabajo) y material en forma de gases, alimentos, productos de desecho, agua.
Pero dado que las células están en un estado estable, donde las concentraciones no cambian demasiado, casi se comportan como sistemas cerrados, y la termodinámica de equilibrio puede utilizarse para aproximarse a los cambios de energía que se producen.
Por ejemplo, uno puede calcular la energía libre de bombear protones desde las células parietales hacia el estómago contra el gradiente de protones, a pesar de que los protones salen constantemente del estómago hacia el intestino delgado.
