La microbiología se puede dividir en muchos campos de estudio específicos, pero en general los campos incluyen:
Fisiología (cómo las células usan vías metabólicas para producir energía)
Patología (cómo los microbios llegan a crear enfermedades en los humanos y otros organismos hospedadores
Epidemiología (intento de analizar estadísticamente los datos que rodean a los microbios patológicos y las enfermedades que crean)
Genética (Cómo las células usan sus planos de ADN y ARN para guiarse a través del mundo sensorial)
Ecología (Cómo se pueden caracterizar y comprender las colonias y agrupaciones de microbios)