Quizás sorprendentemente, casi todas las células del cuerpo humano están ciliadas. La mayoría de ellos tienen solo un cilio rechoncho muy pequeño llamado cilio primario. Parece actuar como una “antena” para detectar condiciones en el fluido que rodea una célula. Esto incluye el flujo de fluido a través de los túbulos renales, las oscilaciones de líquido en los pequeños canales de tejido óseo en respuesta al estrés en los huesos y muchos otros casos. Su función permanece desconocida en otros. Los cilios en el oído interno desempeñan un papel en la percepción de la inclinación y la rotación de la cabeza (pero no en la audición). Los cilios en la nariz son donde las moléculas de olor se unen para excitar el sentido del olfato (pero el gusto no emplea cilios). La región que absorbe la luz de las células de la vara y el cono en sus ojos está altamente modificada y llena de cilios con pigmentos fotosensoriales (rodopsina y fotopsina).
Los cilios en movimiento , el único tipo generalmente enseñado en biología introductoria, son más limitados en cuanto al tipo y función celular. Su propósito es mover las cosas a través de la superficie de un epitelio estacionario: moco en el tracto respiratorio, un óvulo en la trompa de Falopio (útero) y líquido cefalorraquídeo en el cerebro y la médula espinal.
Sin embargo, fuera de los humanos, existe una amplia variedad de cilios modificados con fines sensoriales en animales inferiores, como los finos pelos sensoriales de muchos invertebrados acuáticos, desde hidras y medusas hasta gusanos. Los protozoos como Paramecium y otros ciliados (Ciliophora) emplean cilios móviles para la locomoción. Las almejas, ostras, otros bivalvos y varios otros grupos de invertebrados usan cilios para crear corrientes de agua a través de su aparato de alimentación por filtración.
